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          microRNA芯片實驗

          產品介紹

          microRNA芯片實驗

          劍鈍生物microRNA芯片實驗流程
          1. 樣品RNA抽提
              a. 實驗對象為組織樣品,取適量(50-100mg)新鮮組織樣品或正存的組織樣品,使用 BioPulverizerTM冰凍粉碎組織,加1ml的RNA抽提試劑TRIzol(Invitrogen),使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。
              b. 實驗對象為細胞樣品,每份樣品取1×106~1×107細胞,加1ml的RNA抽提試劑TRIzol(樣品為貼壁細胞,每10cm2培養皿TRIzol使用量為1ml),裂解后抽提RNA。
          2. RNA 質量檢測
              a. 使用Nanodrop測定RNA 在分光光度計260nm 、280nm和230nm的吸收值,以計算濃度并評估純度。
              b. 用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳,檢測RNA 純度及完整性。
              c. 提供RNA QC報告。
              注意:用于芯片檢測的RNA樣品,是高質量的,完整的,沒有RNase污染(降解的樣品不能用于標記和芯片檢測),沒有基因組污染。
          3. 制備熒光標記探針
               采用miRCURY? Array Power 標記試劑盒,用標記酶將Hy3?或Hy5?熒光基團標記miRNA, 可以得到用于與芯片雜交的熒光探針。
          4. 芯片雜交
              在標準條件下使用MAUI雜交儀將標記好的探針和miRCURY?芯片雜交。
          5. 圖像采集和數據分析
              使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強度,并將實驗結果轉換成數字型數據保存,使用配套軟件對原始數據進行分析運算。
          6. 提供實驗報告—— 包括詳細的實驗方法和芯片實驗數據及圖表
              a. 芯片掃描圖
              b. 操作說明(含RNA質檢報告)
              c. 芯片數據
              數據匯總表格(EXCEL格式,包含探針位置,探針名稱,原始信號值,修正信號值,標準化信號值,樣品間microRNA表達量的比值)
              差異表達microRNA的數據表格(EXCEL格式,包含表達上調2倍的microRNA和表達下調2倍的microRNA)
              d. 進一步數據分析
              Scatter Plot(主要針對單色重復實驗數據進行相關性R值計算)
              分層聚類(進行多個樣品實驗時,按基因表達相似程度進行聚類,從而將多個樣品進行歸類)
              若進行重復實驗(≥3)則計算CV值、p值,并做Volcano Plo
          t

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