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          SNP檢測實驗

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          SNP檢測實驗


          SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即單核苷酸多態性,是由于單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態。一般來說,一個SNP位點只有兩種等位基因,因此又叫雙等位基因。SNP在人類基因組中的發生頻率比較高,大約平均每1000個堿基中就有一個多態位點。有些SNP位點還會影響基因的功能,導致生物性狀改變甚至致病。單核苷酸多態性是研究人類家族和動植物品系遺傳變異的重要依據,因此被廣泛用于群體遺傳學研究(如生物的起源、進化及遷移等方面)和疾病相關基因的研究,在藥物基因組學、診斷學和生物醫學研究中起重要作用。

          SNP檢測實驗服務項目

          1、TaqMan探針法
            針對染色體上的不同SNP位點分別設計PCR引物和TaqMan探針,進行實時熒光PCR擴增。探針的5’-端和3’-端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。當溶液中存在PCR產物時,該探針與模板退火,即產生了適合于核酸外切酶活性的底物,從而將探針5’-端連接的熒光分子從探針上切割下來,破壞兩熒光分子間的PRET,發出熒光。通常用于少量SNP位點分析

          2.SNaPshot法
            該技術由美國應用生物公司(ABI)開發,是基于熒光標記單堿基延伸原理的分型技術,也稱小測序,主要針對中等通量的SNP分型項目。在一個含有測序酶、四種熒光標記ddNTP、緊臨多態位點5’-端的不同長度延伸引物和PCR產物模板的反應體系中,引物延伸一個堿基即終止,經ABI測序儀檢測后,根據峰的移動位置確定該延伸產物對應的SNP位點,根據峰的顏色可得知摻入的堿基種類,從而確定該樣本的基因型。對于PCR產物模板可通過多重PCR反應體系來獲得。

          3、HRM法
            高分辨率熔解曲線分析(HRM)是近幾年興起的SNP研究工具,它通過實時監測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴增產物的結合情況,來判斷是否存在SNP,而且不同SNP位點、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形,因此HRM分析能夠有效區分不同SNP位點與不同基因型。這種檢測方法不受突變堿基位點與類型的局限,無需序列特異性探針,在PCR結束后直接運行高分辨率熔解,即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設計探針,操作簡便、快速,成本低,結果準確,并且實現了真正的閉管操作

          4、Mass Array法
            MassARRAY分子量陣列技術是Sequenom公司推出的上的基因分析工具,通過引物延伸或切割反應與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術相結合,實現基因分型檢測?;贛assARRAY平臺的iPLEX GOLD技術可以設計高達40重的PCR反應和基因型檢測,實驗設計靈活,分型結果準確性高。根據應用需要,對數十到數百個SNP位點進行數百至數千份樣本檢測時,MassARRAY具有佳的性價比,特別適合于對全基因組研究發現的結果進行驗證,或者是有限數量的研究位點已經確定的情況。


          5、Illumina BeadXpress法
            采用Illumina公司的BeadXpress系統進行批量SNP位點檢測,可以同時檢測1-384個SNP位點,往往用于基因組芯片結果確認,適合高通量檢測。微珠芯片具有高密度、高重復性、高靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點,極高的集成密度,從而獲得極高的檢測篩選速度,在高通量篩選時可顯著降低成本。

          6、KASP基因分型技術
                 KASP是競爭性等位基因特異性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)的縮寫,可在廣泛的基因組DNA樣品中(甚至是一些復雜基因組的DNA樣品),對SNPs和特定位點上的InDels進行精準的雙等位基因判斷。這項技術是基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels (Insertions and Deletions,插入和缺失)。

           

           

           

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