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          產品中心

          轉錄組測序實驗

          產品介紹

          一、轉錄組測序實驗產品介紹

           轉錄組測序(Transcriptome sequencing)是通過二代測序平臺快速地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態下的的轉錄本及基因序列,可以用于研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和新轉錄本預測等。目前,轉錄組測序已經被廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。上海劍鈍生物利用標準化的實驗流程、先進的測序平臺和專業的信息分析,以高效率、高質量的科技服務贏得業內專業人士的良好口碑。

           

          二,轉錄組測序實驗操作流程

          1. 全轉錄組總RNA提??;

          2. mRNA分離和文庫構建;

          3. 高通量測序;

          4. 數據處理與生物信息學分析;

          5. 測序報告生成

           

          三、生物信息分析

          (一)無參考基因組序列的轉錄組

          1. 標準信息分析

          1) 對原始數據進行去除接頭序列及低質量reads的處理;

          2) 數據產出統計及測序數據的成分和質量評估;

          3) 進行基因表達定量分析

          4) 組裝結果分析;

          5) Unigene功能注釋及COG分析;GO分類;pathway分析;NR分析;Swissprot分析

          6) Unigene表達差異分析;

          7) 差異基因的表達模式聚類分析

          8) 差異表達基因的GO功能富集分析和Pathway富集性分析;

          9) 差異表達基因的蛋白互作網絡分析;

          10) SNP分析

          2. 分析

          轉錄調控網絡分析,及網絡圖構建和重要TF分析;

          通路交互網絡分析,重要通路分析。

          差異表達基因共表達分析,構建網絡圖

          轉錄因子活性分析,預測重要的轉錄因子;

          基因共上游調控元件預測

          miRNA預測,預測調控靶基因的重要miRNA

          主成分分析

           

          (二)有參考基因組序列的轉錄組

          1. 標準信息分析

          1) 對原始數據進行去除接頭污染序列及低質量 reads 的處理

          2) 參考基因組比對

          3) 進行基因表達定量分析

          4) 可變剪切分析(真核)

          5) 新轉錄本預測:新mRNA和新lncRNA預測

          6) 差異表達基因分析(2個或者2個以上的樣本)

          7) 差異基因的表達模式聚類分析

          8) 差異基因的GO功能富集分析和KEGG PATHWAY富集分析

          9) 差異基因的蛋白互作網絡分析

          10) SNP分析

           

          2. 分析

          lncRNA-mRNA表達關聯性分析,及網絡圖構建;

          轉錄調控網絡分析,及網絡圖構建和重要TF分析;

          通路交互網絡分析,重要通路分析。

          差異表達基因共表達分析,構建網絡圖

          轉錄因子活性分析,預測重要的轉錄因子;

          基因共上游調控元件預測

          miRNA預測,預測調控靶基因的重要miRNA

          主成分分析

          藥物小分子預測分析(適用于人類),得到相關的藥物小分子。

           

          四、樣品要求

          1)樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA樣品。

          2)樣品的量:細胞樣品請提供至少1×107個細胞,組織樣品請提供至少300mg的組織塊或切片,RNA樣品請提供10 μg以上的總RNA。

          3)樣品質量:RNA無明顯降解,提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間,濃度 ≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 8。

          4)樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成~50mg的小塊)可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。

          5)樣品運輸:樣品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰運輸。

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